Revalida su título de la Supercopa de Europa de Balonmano al vencer en la ciudad alemana de Colonia al anfitrión, el VfL Gummersbach por 36-31. También revalidó su título de la Copa ASOBAL al vencer por 29-27 al Portland San Antonio, ganándolo así por cuarta vez consecutiva, lo cual ningún otro equipo ha logrado. Concluyeron en cuarta posición en liga por lo que no lograron el objetivo de volver a clasificarse para disputar la Liga de Campeones. En la temporada 2009-10 se fichó a Leire Landa y Priscila Borja y subieron al primer equipo Marta Carro y Nagore Calderón y el equipo terminó en cuarta posición. Este recinto está ubicado en el municipio de Alcalá de Henares y se creó con la idea de ser sede del primer equipo femenino y todas las categorías inferiores femeninas. En diciembre de 2016, debutó el equipo femenino en el Vicente Calderón, derrotando 2-1 al Barcelona ante 13.935 espectadores. Su tercera temporada en el club blanco arrancó ganando la Supercopa de España el 29 de agosto de 2012, al Barcelona con un resultado global de 4-4, ganando por la regla del gol de visitante (3-2 en la ida y 2-1 en la vuelta jugada en el Bernabéu).
El partido de cuartos de la Copa del Rey entre Real Madrid y Atlético se juega este jueves, 26 de enero, a las 21:00 horas en el estadio Santiago Bernabéu. Poco a poco fueron escalando divisiones hasta lograr, en la temporada 2002/03, el ascenso a Primera Nacional donde, por fin, el Atlético de Madrid integró en su organigrama al Atlético Féminas, que pasaría a llamarse Club Atlético de Madrid Féminas. El Club Atlético de Madrid Femenino juega de local en el Centro Deportivo Cívitas Alcalá de Henares, cuyo campo principal tiene capacidad para 2.700 espectadores. Siendo ya campeonas invictas de Liga, el equipo femenino regresó a ese estadio el 21 de mayo de 2017 para ser homenajeadas por la afición. En la segunda vuelta de la Liga repitió los resultados de la primera vuelta, ganando todos los partidos menos el que le enfrentó al F. C. Barcelona y el 5 de mayo de 2019 ganó su tercera liga con seis puntos de ventaja sobre las culés. Ellas mismas se encargaron de encontrar un patrocinador y, por normativa de la RFEF, comenzaron en la última categoría profesional de fútbol femenino: Primera Regional.
El 18 de septiembre de 2018 se fundó la Peña Las Colchoneras, la primera del club dedicada a la sección femenina. El 15 de septiembre de 2019 el primer equipo jugó su primer partido que el estadio. Ese año el equipo volvió a ganar la Liga. El nuevo milenio parecía prometedor: el equipo logró el bicampeonato estadual en 2000, alcanzó los cuartos de la Libertadores y la semis de la Copa Mercosur en el mismo año. Como el año anterior se siguió internacionalizando el equipo con la llegada de Dolores Silva, Aïssatou Tounkara, Elena Linari y Alex Chidiac, todas ellas internacionales con sus países. En la temporada 2011-12 se cambió al entrenador del primer equipo por Juanjo Carretero y ficha a Sandra Vilanova, Adriana Martín y Claudia Zornoza y subió al primer equipo Noelia Gil. En las temporada 2012-13 se fichó a la joven portera del Sporting Club de Huelva Lola Gallardo, que debutaría esa misma temporada con la selección española y causaron baja Vilanova, Adriana y Landa.
En la temporada 2013-14 se fichó a la internacional Silvia Meseguer procedente del Espanyol, a Jade Boho del Rayo y la joven Esther González del Sporting Club de Huelva. En la temporada 2022-23 causaron baja las capitanas Amanda Sampedro, Silvia Meseguer y Laia Aleixandri. Empezaron la temporada 2019-20 con la baja de Jennifer Hermoso que fichó por el Barcelona. En la temporada 2015-16 el fichaje más destacado es el de la hasta entonces siete veces campeona de liga Sonia Bermúdez procedente del Barcelona y también el de Kenti Robles procedente del Espanyol. La siguiente temporada se fichó a la internacional Marta Corredera procedente del Arsenal y a Andrea Pereira del Espanyol y la jóvenes promesas Carmen Menayo y Andrea Falcón. De las jugadoras que dejaron el club destacaron Soni, Corredera y Pereira. El club contrató a la internacional Virginia Torrecilla, la goleadora Charlyn Corral y a la nombrada mejor portera del Mundial Sari van Veenendaal. Ese mismo mes Virginia Torrecilla anunció que había sido diagnosticada con un tumor cerebral, mundialito de clubes del que fue operada con éxito.